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胆固醇降低疾病因素主要有甲状腺功能、亢进症、低蛋白血症、急性重型肝炎、肝硬化、恶性肿瘤、贫血等。胆固醇降低疾病可以分为非器质性和器质性。非器质性因素主要有经常偏食，服用某些药物胆固醇偏低，服用的药物主要包括降脂药、甲状腺激素和雌激素，这些都可能会使胆固醇下降，严重时可能还会造成干细胞受损。
有一些恶性疾病也可能使总胆固醇含量偏低，例如肝癌、胃癌、肺癌等这些疾病使用药物后，可能会使患者的食欲下降。对食物中的胆固醇摄入不足，诱发胆固醇降低，应注意多补充一些有营养的食物。
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