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　　肛门直肠周围脓肿是引起肛瘘的根本原因，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管。肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外。脓液从外口流出，但原发感染都在肛窦，肛窦则是继发感染的门户，反复感染形成瘘道，瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液的排出，容易储脓、 感染和难以愈合，直肠内有一定的压力，将直肠感染物质，如粪便、气体可经常不断的从内口进入瘘道，刺激腔壁。

　　继发感染后由外口排出，也是造成漏道的原因。肛门直肠周围脓肿破溃后脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合最终形成肛瘘。