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纤维肌痛综合征的病因目前来说并不是特别明确，目前认为与睡眠障碍、神经内分泌的变化、免疫紊乱、氨基酸浓度的改变以及心理因素有关。它可以继发于外伤、骨关节炎、类风湿关节炎以及多种非风湿病的患者。
对于这种类型的纤维肌痛综合症，称之为继发性的纤维肌痛综合症。如果患者不伴有其他的疾病，则称之为原发性的纤维肌痛综合征。
纤维肌痛综合症患者肌肉的疼痛来源于神经末梢肌疼痛感受器，机械性的牵拉挤压之类的诱因都会诱发刺激神经末梢，从而诱发肌肉的疼痛。同时有研究表明，纤维肌痛综合征的患者与一些情绪障碍、睡眠异常也有密切的关联。
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