来自于家族成员

　肠病毒曾经从怀孕妇女与受到肠病毒感染新生儿的母亲的肛门、喉头、子宫颈拭子（Cervical swab）等检体培养出来，亦有高比例的肠病毒被从家族其它的成员培养出来，如兄弟姐妹或父亲。

经由胎盘传导

　另外肠病毒曾自胎盘所培养出，这表示子宫内的感染是经由胎盘传导的途径。肠病毒可自怀孕妇女的粪便或子宫颈分泌出来，与肠病毒可在羊水中生长这些发现也都显示上行性感染的可能性。基于病毒血症与临床症状都是出生后一至二天发生的，过去曾估计大约22%致死的新生儿克沙奇B型病毒的感染，11%的伊科病毒的感染都是在子宫内就得到的。

子宫内就被感染

　也有不少的肠病毒感染新生儿是在出生后的几个小时内就发病，显示肠病毒感染可能是胎儿在子宫内就得到的感染。藉由生产后自羊水培养出肠病毒、在新生儿的组织侦测到肠病毒的抗原，以及新生儿出生第一天就可自血清中检验出中和抗体，这些发现都更加支持这种可能性。

生产过程垂直感染

　在南台湾，早自1994年就曾经发生过克沙奇B型病毒感染新生儿造成许多严重的并发症与死亡的病例。大部分新生儿受到肠病毒的感染，一般被认为是经由生产过程中接受到母亲的血液或生殖道的分泌物，或生产后接触到母亲口咽分泌物或粪便的暴露所导致的。