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　　舌咽神经痛的确切病因目前不是特别的清晰，可能跟舌咽神经的走行有一定的关系。

　　舌咽神经主要是从延髓中发出，然后经颅底到达咽喉部。在这一过程当中，可能会受到周围神经、周围血管或者周围其他肌肉组织或者软组织的压迫。在压迫的过程中，如果不能够及时的解除，会造成舌咽神经的慢性缺血，以及它神经纤维的脱髓鞘，当这种脱髓鞘以后，会使神经纤维中央的轴索完全裸露出来，使轴索和轴索之间的生物绝缘机制丧失，产生了轴索之间生物电短路现象，这时候就会产生过度的放电和舌咽神经疼，这是它的一个大概的机制。

　　此外，少见的情况下就是发生于延髓的病变，比如说延髓的梗塞和缺血、延髓的出血、延髓的炎症，比如说多发性硬化，这些会对舌咽神经核产生了一种不好的刺激，从而产生这种舌咽神经疼，这个大体上是这个舌咽神经疼的几个方面的原因。