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　　胃食管交界的解剖结构有利于抗反流，这些包括食管下括约肌和隔食管韧带、食管和胃之间的锐角等等。其中最主要的是食管下括约肌。当食管下括约肌张力低下或有频发的松弛，就会出现病理性反流。如食管清除力低下，食管膜容易受损，导致食管炎。目前研究认为胃食管反流性疾病是由多种因素促成的，概括而言其发生机理归纳为两方面：

　　一是抗反流的防御功能下降。抗反流的防御机能下降包括食管下括约肌功能不全，第二食管体部的清除下降。食管体部蠕动减弱，使其对反流物的容量清除下降，唾液分泌减少。也影响反流物的化学清除作用。第三，胃排空延缓。约1/2的胃食管反流性疾病的患者有胃排空延缓，这在卧位时非常明显，容易促发胃食管反流。第四，食管激膜的屏障作用。食管表层有多层排列紧密的鳞状上皮细胞覆盖，膜表面可以防止胃蛋白酶的消化，并中和一部分反流的胃酸，这些组成了食管上皮的防御屏障。

　　第二就是反流攻击因子的增强。重度反流性食管炎患者，食管下括约肌压下降较明显，病变发展到Barretts食管，食管下括约肌压变得更低，食管炎治愈后，食管下括约肌压也不能完全恢复正常。食管炎是动力异常的结果，又可反过来影响食管下括约肌的功能，如此形成恶性循环，其起动因素则是胃酸和胃蛋白酶。

　　研究还表明，有40%的胃食管反流性疾病的患者有植物神经功能紊乱，切除或损伤迷走神经可引起胃食管反流性疾病，说明迷走神经异常与胃食管反流性疾病发病也有一定的相关性。