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肾小球微小病变病因主要分为原发性和继发性两大类，其中原发性的病因是不明确的，主要与自身免疫反应失衡有关。继发性的病因比较明确，主要是包括一些药物，比如使用一些抗生素如利福平、氨苄西林、头孢克肟等，还有干扰素抑制剂、依那普利的。还有一些病原体的感染的相关因素，比如艾滋病毒、梅毒、血吸虫等。还有肿瘤以及一些其他的疾病，比如霍奇金病、非霍奇金病、嗜酸细胞性淋巴瘤。还有一些过敏源导致与之相关，比如一些食物，花粉、虫螨等。
此外，还有遗传因素，这些都是导致肾小球微小病变的病因所在。
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