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布加综合征的鉴别诊断，有肝硬化、门静脉高压症，患者多有慢性肝炎的病史，实验室检查常出现肝炎病毒标志物，肝功能都有损害，肝脏萎缩、硬化，肝活检存在肝细胞坏死、肝炎和纤维化。
布加综合征可发现肝静脉或其开口以上的下腔静脉阻塞，而单纯的肝硬化，门脉高压症则一般如此表现，右心功能衰竭，除了导致下腔静脉血液回流障碍的临床症状以外，还可伴有上腔静脉回流障碍表现，如呼吸困难、咳嗽和颈静脉怒张，多数患者有长期心脏病的病史，卧床休息以及强心利尿治疗后，症状可以改善。
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