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小肠瘘的病因主要就是多见于外伤以及腹部的一些疾病，或者是由于先天性的发育异常所引起，比如说腹部受到了外力的撞击出现了小肠管壁的破裂，可能会发生小肠瘘的情况。另外，在进行腹部手术的时候，如果出现了副损伤导致了小肠的破裂，也会形成小肠瘘的情况。
再者有一部分患者进食了过于粗硬的食物，比如说鸡骨、牛骨，在运行的过程当中对小肠壁产生了刺伤的情况，也会发生小肠瘘的情况。另外，由于自身疾病出现了小肠的破裂，比如说有溃疡性的肠炎或者是克罗恩病的情况。再者由于先天性的发育异常，发生了自发性的小肠破裂导致了小肠瘘的情况。
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