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结肠闭锁的病因一般是由于在胚胎发育的时期，肠道再度空化的过程受到了外来因素的影响，使肠管没有形成，往往和局部的血液循环障碍有一定的关联。另外受到细菌感染等因素，也可能会导致结肠闭锁的发生。
结肠闭锁的具体原因目前在临床上并不是特别的清楚。结肠闭锁在出现以后，要及时地通过手术的方法进行治疗，在治疗不及时的情况下，会发生肠功能的紊乱以及肠道梗阻的症状，出现酸碱的失衡，出现水电解质紊乱，会严重地影响到患儿的正常生存。结肠闭锁主要就是通过手术进行治疗。
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