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阿米巴性阴道炎治疗主要以杀虫灭菌为主，药物治疗一般会采用盐酸吐根碱。对阿米巴支原体的杀灭作用最强，但对包囊的作用不肯定，毒性大，对心肾功能不全。年老体弱患者及孕妇等禁用，或者是口服甲硝唑，患者也可以采用局部治疗，可将上述药物制成溶液，做阴道冲洗或制成粉剂、集栓剂，置于阴道内，效果也很好。
在日常生活中一定要注意个人卫生及饮食卫生。饭前便后要洗手，其次要保持外阴清洁，防止粪便继续污染外阴及阴道，以免沾染上阿米巴支原体，要注意消毒隔离，禁止性生活，发病后一定要及时诊治治疗。
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