某些先天因素会导致患者大便失禁,如先天无肛、无肛门括约肌、脊柱裂、脊髓脊膜膨出等常合并肛门失禁。还有就是手术或外伤,在高位复杂性肛瘘手术中造成肛管直肠环损伤,因外伤破坏了肛门直肠环及肛门括约肌群的完整性,造成的肛门括约肌完全或不完全的功能损失。
由于混合痔、环形内痔、脱肛等使肛门括约肌过度扩张松弛,或年老体弱使括约肌萎缩无力等,以至于括约肌功能障碍,产生肛门失禁。妇女生育时会阴撕裂会使得肛门前侧括约肌完全断裂,造成肛门失禁。
肛管和肛门皮内有许多神经末梢和感受器,可感受气体和粘液的刺激,使括约肌收缩,防止其流出。如内痔环切术或直肠拉出手术造成肛管皮肤缺损或肛门搔痒症经皮内注射治疗,破坏了皮内感受器,因此可形成感觉性肛门失禁。