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溃疡性直肠炎的病因至今仍不明确。基因因素可能具有一定地位，心理因素在疾病恶化中具有重要地位。目前认为炎症性肠病的发病是外源物质引起宿主反应、基因和免疫影响三者相互作用的结果。
直肠溃疡的病因不明，有人认为由于耻骨直肠肌的痉挛收缩，使粪便被阻塞于肛门直肠环，为克服阻力，需过度用力排便，从而导致直肠脱垂和前壁粘膜的缺血、缺氧，引起溃疡的形成。也有人认为会因过度下降损伤阴部神经，也可能是导致直肠溃疡的重要因素。患者需要在医生的指导下服用药物，才可取得比较良好的治疗效果。
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