急性阑尾炎，根据典型的临床的表现及相关的检查可以做出诊断。但是，临床上还会有其他的疾病需要进行鉴别。
第一大点是回盲部的疾病。
一、肠系膜淋巴结炎，多见于儿童，往往发生于上呼吸道感染之后起病，为腹痛与急性阑尾炎相似，但它是很早就出现高热。无转移性腹痛时，局部压痛也比较广泛，无反跳痛和其他的体征。
二、局限性的回肠炎，典型的局限性回肠炎。有多次腹痛发作及腹泻时病人发热、贫血。一般情况差，因此不难与急性阑尾炎区别。但不典型发作的时候，右下腹痛、压痛及血白细胞增多与急性阑尾炎相似，需要进行细致的临床观察来进行鉴别。
三、MECKEL憩室炎，多数MECKEL憩室炎有类似阑尾炎的临床表现，不宜鉴别。但憩室炎往往无转移性的腹痛，局部压痛点也在阑尾点之内，多见于儿童，有或者曾有黑便史，因为1/3的MECKEL憩室中有胃粘膜存在，此可以与急性阑尾炎相区别。
四、其他回盲部的疾病，如肠伤寒穿孔、回盲部结核、盲肠癌等均可以出现于急性阑尾炎相似的临床现象。但是，需要根据病史及仔细分析来进行鉴别。
第二大点是盆腔的疾病。
一、宫外孕破裂、右侧宫外孕破裂，早期可有局部出血刺激腹膜的症状，与急性阑尾炎的腹痛和压痛相似。但一旦出血量多，病人很快面色苍白、出冷汗、四肢发凉、脉搏细数、血压下降。腹部检查可以出现移动性的浊音与阑尾炎可以鉴别，那么详细的询问月经时非常的重要，有助于诊断。
二、卵巢囊肿扭转。右侧卵巢囊肿急性扭转可以突然右下腹痛，囊肿狡诈坏死可以刺激腹膜而致，局部压痛与急性阑尾炎相似。但急性扭转时的疼痛剧烈，突然坏死囊肿引起的局部压痛位置偏低，有时可以扪到肿大的囊肿，都与阑尾炎不同，而妇科双合诊检查加超声检查，可以明确诊断。
三、其他的盆腔疾病，如急性输卵管炎、囊状卵泡破裂等，均属于罕见隐于急性阑尾炎混淆的急腹症。因此，女性急性阑尾炎的鉴别诊断较男性更为重要。此外，输尿管结石由于阑尾炎相似的症状，但体征不同，并且尿中有红细胞可以鉴别。
第三右上腹的疾病。
一、溃疡病急性的穿孔为常见的急腹症，发病突然，腹痛起至右上腹偏中，当穿孔露出的胃肠液沿右结肠旁沟流至右下腹时，可以出现类似阑尾炎的转移性腹痛和局部的压痛、反跳痛。如果不仔细的检查，容易误为急性阑尾炎，但溃疡病急性穿孔常有明显的溃疡病史，临床表现与周身情况均较阑尾炎严重。
