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尿毒症的病因很多，尿毒症属于慢性肾衰竭最后的阶段。某种病因长期慢性损害肾脏，最终导致90%以上的肾组织被破坏，这种状态就称之为尿毒症。有很多原因可能会造成这样的结果，包括糖尿病、慢性肾炎、高血压、系统性红斑狼疮、过敏性紫癜等等这些原因，都可能会影响到肾脏的小球或者肾小管，造成这些组织的破坏、毁损。
泌尿系统梗阻也是尿路疾病的常见的类型，会造成尿毒症，包括或者有前列腺的增生，泌尿系统的结石，肿瘤导致肾脏的尿液不能顺利的排泄，最终也都可能会造成肾脏组织的毁损。
还有一些情况属于遗传性的肾脏病，最常见的是常染色体显性遗传性多囊肾。
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