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首先需要明确引起新生儿肝炎的主要病因就是病毒性的感染。例如巨细胞病毒感染、乙肝病毒感染等等，所以治疗方面需要应用抗病毒的药物进行治疗。例如更昔洛韦等是比较常用的治疗巨细胞病毒感染的药物，同时也需要根据具体的病原菌的情况给予相应的治疗药物。
新生儿肝炎也会出现明显的肝损伤的情况，会出现黄疸、消化不良的症状，也需要及时的给予治疗，可以应用保肝的药物进行营养肝脏的治疗，有利于改善转氨酶升高的情况，黄疸症状比较明显，还可以应用退黄的药物或者照射蓝光等方法来进行退黄治疗，同时也需要积极地改善消化，增加体重。
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