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肝区疼痛的原因比较多，首先鉴于一些感染性的疾病，比如胆囊炎、肝脓肿等，局部的炎症刺激可以造成肝区的疼痛不适。另外，肝胆系统的肿瘤性的疾病或者是良性的占位性病变，也可以造成肝区的疼痛，比如常见的胆囊炎、胆囊结石、肝癌、胆管癌等，可以造成肝区的疼痛不适。
肝区疼痛需要通过相应的辅助检查，比如生化学检查、影像学检查，必要时该活检组织病理学的检查，来明确引起肝区疼痛的原因。根据不同的原因进行相应的治疗，同时还要注意排除一些常见的良性病变，比如脂肪肝、药物性肝损伤、酒精性肝炎等也可以造成局部的疼痛。
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