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　　杀幽门螺旋杆菌的副作用主要是在于药物的副作用。在杀灭幽门螺旋杆菌的过程中，有些病人可能会存在一定的过敏反应，比如说有些人对青霉素过敏，可能在服用阿莫西林的时候会有一些过敏的反应，建议如果有青霉素过敏史的病人尽量减少应用阿莫西林的情况，可以结合情况应用左氧氟沙星、甲硝唑、呋喃唑酮等其他的相关药物来进行治疗。其他的可能有些病人在服用奥美拉唑或者克拉霉素等相关药物的时候，会存在一定的腹痛、腹胀、大便不成形、恶心等相关的症状，可以结合主治医师的意见进行调药，可以应用泮托拉唑、雷贝拉唑、艾司奥美拉唑等相关的药物来进行治疗。

　　其他的抗菌药物也可以在其他的相关抗菌药物中选择两种来进行治疗。所以说杀灭幽门螺旋杆菌的副作用主要是在于药物的副作用，对于细菌的杀灭一般对于身体是有好处的。