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目前关于卵巢恶性肿瘤的病因并不是十分明确。卵巢恶性肿瘤根据肿瘤细胞的来源不同，可以分为卵巢癌、生殖细胞肿瘤以及转移性卵巢恶性肿瘤等。
在上皮性卵巢肿瘤也就是卵巢癌中，研究发现它可能与分子遗传学，也就是基因突变、基因遗传等方面具有一定的相关性，呈家族聚集的趋势。也就是说如果患者的母亲或者姐妹存在致癌基因，并且发生卵巢癌，那么此类的女性发生卵巢癌的风险会明显增高。
而转移性的卵巢肿瘤它主要是由于其他的器官发生恶性肿瘤，转移到卵巢所导致。最常见的来源是消化系统所导致的卵巢转移肿瘤。
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