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　　长骨骨干结核单发病例的诊断一般比较困难，需要与以下疾病相鉴别，首先是慢性、局限性、化脓性的骨髓炎。本病全身症状较结核明显，且局部容易呈现硬化性的改变。如果必要时可以行细菌学检查及病理组织活检可以加以区分。此外，就是嗜酸性的肉芽肿，本病患者血液内血常规查嗜酸性细胞增多，X线平片可以显示髓腔内破坏及骨皮质的消失。此外，病灶周围会有新骨包绕等等特点，但确诊仍然需要病理的活组织检查。

　　最后一个鉴别诊断就是尤因肉瘤，本病属于恶性的病，肿瘤发病及症状体征都明显，X线平片可以见到病骨呈溶骨性的破坏改变，同时可伴有骨质增生以及新骨的形成，有时可以呈葱皮样的外观，但与周围组织无明显的界限，确诊仍然需要依靠病理学上的检查。