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二糖酶缺乏症一般分为原发性和继发性双糖酶缺乏症，其中包括乳糖酶、蔗糖酶、麦芽糖酶、海藻糖酶等缺乏，其中以乳糖酶缺乏症最常见。在饮食方面，主要是要限制饮食，要禁食奶类，即含有乳糖的食物，轻症者牛奶限量，重症者完全禁食。婴儿可给予无糖的牛奶，或者加乳糖酶。蔗糖异麦牙糖酶缺乏者应该限制蔗糖的摄入，必要时要限制淀粉的摄入。
继发性双糖酶缺乏，常为多种酶的缺乏，小肠黏膜刷状缘酶损害，继发于涉及肠道的其他的疾病。如成人乳糖酶缺乏，那么要在饮食上还要进食蘑菇，避免辛辣刺激性的食物的。
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