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目前在临床上，肛门闭锁的原因并不明确。因为肛门闭锁多发生在新生儿，主要是先天性的消化道发育畸形引起的。而先天性的消化道发育畸形，这个跟胎儿在怀孕期间发育不良有直接的关系，而影响的因素可能是孕妇服用的药物，或者是环境等多种因素导致基因突变，导致消化道发育畸形。或者是本身存在家族的遗传史，这种情况下也可能引起肛门闭锁。
所以对于肛门闭锁的患者，在新生儿的时候就应该积极的采取手术治疗。一般情况下，在3~6个月手术是相对更好的，因为这个时候盆底肌肉结构神经发育比较明晰，这样的话手术中对于腹腔、盆腔的损伤将会更小。
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