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根据脓肿发生的部位分为肛提肌以上的脓肿，也就是高位脓肿，还有肛提肌以下的脓肿，我们称之为低位脓肿。肛提肌以上的脓肿一般分为骨盆直肠间隙脓肿、直肠粘膜下脓肿、直肠后间隙脓肿以及高位马蹄形的脓肿。肛提肌以下的脓肿，包括坐骨直肠间隙脓肿、肛周皮下脓肿、肛管后间隙脓肿，以及低位马蹄形的脓肿。
按照脓肿的致病菌与性质一般分为急性化脓性脓肿和慢性化脓性脓。急性化脓性脓肿多数为葡萄球菌、大肠杆菌等感染所引起。慢性化脓性脓肿多数为结核菌感染所引起。根据脓肿发生的部位深浅不同，他们的临床表现也各有不同。
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