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细菌性心肌炎在确诊以后，需要根据感染细菌的种类来选择抗生素。不同的细菌，针对不同的抗生素来进行治疗。一般来说患者在明确诊断以后，也要严格的卧床休息，必要的时候应用改善心肌代谢的药物，比如辅酶q10、曲美他嗪等。
有些细菌性心肌炎的患者，在急性期出现心衰的症状，则需要应用利尿剂、新活素等药物来改善心衰的症状。
细菌性心肌炎在治疗疗程上一般是两周左右，至于以后患者也要尽量的卧床休息三个月左右，避免心肌的耗氧量增加，导致后期的心肌病变。对于细菌性心肌炎的人群，在平时也要注意预防感冒、受凉等情况。
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