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细菌性心肌炎在明确诊断以后，一般治疗的疗程在2~4周左右。细菌性心肌炎在明确诊断以后，患者要卧床休息，加强营养。针对特异性的病菌应用抗生素来进行抗感染治疗，以及应用保护心肌、改善心肌代谢、预防心衰的药物来进行治疗。
有些细菌性的心肌炎患者在急性期可能会导致严重的心衰，以及心律失常等，可能需要应用像利尿剂、新活素等药物来进行治疗。
细菌性心肌炎在治疗好转以后患者也不要下床活动，一般推荐患者要卧床休息三个月以上再适当的下床活动。对于细菌性心肌炎的人群一定要明确是不是有心脏的结构性改变，避免再次发作细菌性心肌炎。
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