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并不是所有的肥厚性心肌病就是糖原累积病二型，一部分糖原累积病二型是属于发展有肥厚性心肌病的，主要是先天性疾病由于儿童型的患者在生后几个月，可以出现心肌肥厚严重的肌无力，进展非常迅速，容易发生心肺功能的衰竭，在1~2岁内就可能会死亡。
迟发型的在青少年或者是成人期会出现进行性的肌无力和呼吸困难，进展非常缓慢，容易导致呼吸功能衰竭而死亡。而肥厚型心肌病还可见其他的原因导致，最常见的还是本身由于不明原因导致的先天性的心肌肥厚，出现了心脏的血液动力学的改变，容易引发心功能衰竭，而导致心脏出现停顿、坏死。
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