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混合型厌氧菌感染的种类包括病菌的种类有两种，一种是致病的革兰氏阳性厌氧球菌，这种球菌是消化球菌和消化链球菌，这些球菌使口腔、上呼吸道及大肠中正常菌群的组成部分。
另一种主要是革兰氏阴性厌氧杆菌。比如脆弱拟杆菌、产黑素拟杆菌以及梭状拟杆菌，而脆弱拟杆菌足是正常大肠内菌群的一部分，其中也包括腹腔内感染，最常分离得到的厌氧致病菌，通常都见于牙周炎、肛周腹部以及肺部的厌氧菌和需氧菌混合性感染，还有一种是在机体免疫功能低下时，比如癌症以及骨髓移植等，患者容易发生菌血症。重症监护病房的患者，因为长期住院，容易发生医源性的感染。
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