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部分患者肺部出现有曲霉菌严重感染的时候，需要手术切除感染病灶。当没有及时规范的早期诊断，早期治疗，肺部曲霉菌的感染出现弥漫性，部分局部病灶感染非常严重，甚至形成了曲霉菌的球，里面含有大量的高浓度的曲霉菌，通过内科的 抗曲霉菌的药物的治疗，无法将曲霉菌消灭干净，无法控制炎症的发展，甚至炎症，会进一步蔓延。这个时候，在稳定生命体征，稳定炎症反应的前提条件下，可以选择手术切除严重的感染病灶，并且术后继续及时的使用敏感的抗曲霉菌的药物治疗，有望能够达到治愈。
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