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可以应用适当的药物进行治疗，常用的药物是甲硝咪唑或者肠胃灭滴灵。该类药物对于阿米巴滋养体有较强的杀灭作用，而且比较安全。适用于肠内肠外各型的阿米巴病，是目前抗阿米巴病的首选药物。
另外也可以应用吐根碱，或者鲁化喹啉类的药物来进行治疗。比如吐根碱，因为毒性比较大，治疗过程中尽量的注意卧床休息，尽量减少服用的时间过长。另外也可以应用硝基米唑类化合物的衍生物，也可以应用甲硝唑等相关的药物来进行治疗。另外也可以应用碘仿溶液，适当应用该类方式进行保留灌肠。
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