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　　肛管直肠部位是大便的通道，细菌因此非常容易侵入肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体造成感染发病，逐渐形成脓肿，脓肿破溃就形成了肛瘘。肛周脓肿是导致肛瘘的主要因素之一，肛周脓肿破溃后脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁即成瘘管，肛瘘就不可避免了。

　　另外，结核杆菌、放线菌感染能形成脓肿。克隆氏病等难以治愈，也可形成特殊性的肛瘘。形成肛瘘的原因还可能是因为直肠肛门的损伤，来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌会因此侵入伤口，即可引起肛周脓肿。患者若不及时治疗，都可能导致肛瘘的。