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　　在临床上肛瘘是不可能不治自愈的。但是部分皮下瘘可能由于外口闭合就自然好了，后期没有再次复发了。但是绝大多数的肛瘘是不会自己好的。究其原因，主要是由于内口的存在，脓肿虽然破溃或以切开引流，但原发感染源如肛窦炎或肛性感染依然存在。

　　肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管，肛门不能静养，脓腔不易黏连。排粪排尿时，因括约肌收缩，或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。肠腔中的粪便肠液和气体继续进入瘘管刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合，脓腔引流不畅或外口缩小，时闭时溃、脓液蓄积腔内，导致脓肿在发病穿破而形成新的支管或瘘道。管道多在不同高度穿过肛门括约肌收缩障碍，脓液排出，以至引流不畅。