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反复出现腹泻原因有很多种，包括全身性疾病，比如糖尿病、腹泻。另外还包括有甲状腺功能亢进，由于肠道蠕动增快所引起，慢性肾功能不全达到尿毒症期，会对肠道产生损伤。
还有自身免疫性疾病，比如系统性红斑狼疮、硬皮病等。此外还有肝胆胰腺的疾病，包括肝炎、肝硬化、肝癌，慢性胰腺炎，胰腺癌，还有胆囊切除术后，另外就是胃肠道的疾病，胃肠道的肿瘤，炎症性肠病，功能性肠易激惹综合征，功能性的腹泻，还有感染性因素，比如感染性肠结核，阿米巴肠病，慢性细菌性痢疾，真菌感染。此外还有药源性多种药物或者是药物间相互作用，也可以发生慢性腹泻。
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