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造血干细胞移植有一定的痛苦。造血干细胞移植包括了异基因造血干细胞移植和自体造血干细胞移植。异基因造血干细胞移植因为有移植物抗宿主病的并发症存在，所以痛苦要更大一些。而自体造血干细胞移植并没有明显的移植物抗宿主病，这方面的痛苦要小一些。
但是不管是异基因造血干细胞移植，还是自体造血干细胞移植，都需要经过预处理以及骨髓抑制期。预处理的方案比较强，患者往往会出现严重的恶心、呕吐。预处理结束之后，患者会进入骨髓抑制期，在骨髓抑制期间，有可能会出现感染、贫血、出血等一系列情况出现。
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