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目前认为肉芽肿性血管炎的发病原因主要是感染源对血管的直接损害和免疫异常介导的炎症反应。研究表明某些病原体的感染，比如立克次体、真菌、螺旋体、病毒、细菌或者是这些感染源的代谢产物，可以直接或者是间接的损害血管，而诱发肉芽肿性血管炎的发病。
同时免疫异常所介导的炎症反应也是诱发肉芽肿性血管炎的一大原因，它可以通过以下四种途径来诱发肉芽肿性血管炎。第一种途径是免疫复合物介导的途径，第二种途径是抗体直接介导的途径，第三种途径是抗中性粒细胞胞质抗体介导的途径，第四种途径是T细胞介导的途径。
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