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肛窦炎又称为肛隐窝炎，是肛门瓣肛窦及肛门腺内发生的急慢性炎症性疾病，形成的原因与损伤与感染有关。
肛窦底部有肛腺导管开口，肛腺较集中于肛管的厚壁，成分支状，肛窦因到底在下，开口朝上引流畅，溶液储存粪便，引发感染和损伤。
肛窦感染后可波及临近的肛乳头，有时肛窦炎的发生与性激素与肛腺发育有关，人体性激素可以调节肛腺的发育，性激素的高低直接影响肛腺的增生与萎缩，其中以雄激素的影响最大，性激素的水平与肛窦炎的发生有密切关系。新生儿体内有母亲带来的较多的激素，所以也肛周感染较多。
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