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诊断肛管直肠癌通过拍片不容易诊断，一般通过病史查体及辅助检查，比如结肠镜检查，可以明确诊断。患者通常会有肛门部疼痛，肛门肿物或者溃疡，有出血瘙痒的病史。局部检查可以见到肿物或者溃疡，肛门指诊可以明确病变的范围，肿物是否固定，直肠与周围组织有无受累，有时还可以见到腹股沟淋巴结肿大。
还可以通过结肠镜检查或肛门镜检查，见到肛管及肛门周围有硬结或溃疡性的病变。通过病理组织学检查可以确诊，注意取标本时应当在不同的部位取3~5块。通过x线检查，不能够诊断直肠癌，可以明确是否存在肺部转移。
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