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　　大部分肛瘘是由直肠肛管周围的脓肿引起的，因此内口多在齿状线上肛窦处，脓肿自行破溃或切开引流处形成外口，位于肛周皮肤上，增厚的纤维组织组成整个瘘管壁，因此内附一层肉芽组织无法愈合。

　　肛瘘临床表现为流脓、肿痛、搔痒，排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡，神经衰弱等。对于肛瘘的特征，流脓是其主要的症状。脓液的多少与瘘管长短多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适。

　　当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消失。由于引流不畅，脓肿反复发作，也可破溃出现多个外口。另外，较大较高位的肛瘘常有粪便或气体从外口排出。