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甲状腺功能减退并不是一种疾病，它是一个症状，可以见于很多原因，很多疾病导致。主要常见有自身免疫性疾病，比如包括桥本甲状腺炎，萎缩性甲状腺炎等，还包括由于甲状腺的手术，放射性碘治疗，颈部的放疗而导致甲状腺遭到破坏，而引发甲减。
还有一些药物也会导致，比如使用治疗甲亢的药物，治疗肝炎的干扰素，还有一些精神病的用药，比如锂盐，还见于垂体手术，垂体放疗引发以及还有胃肠间质肿瘤或者是巨大血管瘤，而导致消耗性的甲减。此外还见于碘缺乏引起的甲减，还有先天性甲状腺缺如，所以这些疾病才是真正导致甲状腺功能减退的原因，甲减只是一个症状。
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