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甲状腺功能减退，形成的原因主要是以下几类，包括自身免疫性疾病，比如桥本甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎等甲状腺遭到破坏。比如由于手术放射性碘治疗，以及颈部的放疗等。还有一些药物，比如治疗甲亢的药物，治疗肝炎的干扰素，还有抗精神病的药物，比如锂盐。
还见于垂体疾病所引起，比如垂体的肿瘤，垂体手术和垂体的放疗，还见于消耗性的甲减。比如胃肠间质肿瘤或者是巨大的血管瘤而引起。还有由于碘缺乏或者过量，都可能会导致甲状腺功能减退，还可见于先天性的甲状腺缺如而导致。
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