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引起甲状腺功能减退的原因主要有以下，包括自身免疫性疾病，如桥本甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎、甲状腺破坏，包括甲状腺手术、放射性碘治疗、颈部放疗等，还包括一些药物，比如治疗甲状腺功能亢进的药物，治疗肝炎的干扰素，还有治疗精神疾病的锂盐，还有垂体疾病，比如包括垂体的肿瘤，垂体的手术和垂体放疗而导致。
还有消耗性的甲状腺功能减退，比如胃肠间质肿瘤或者是巨大的血管瘤，另外还有碘缺乏或者是过量，都可能会导致甲状腺功能减退。此外还鉴于基因突变引起的先天性的甲状腺功能减退，还有先天性甲状腺缺如。
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