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病情分析：醒后在窗户外面深呼吸，深呼吸之后感到右胸口疼痛两天了，这种情况需要考虑有呼吸系统的疾病，比如炎症反应，包括支气管炎，肺炎，还要考虑可能存在有气胸。

处理意见：拍双肺的ct或者核磁共振检查血常规，必要时检查一下肺功能，明确诊断，如果是气胸应该及时的胸腔闭式引流，如果有细菌感染可以选择抗生素。